配属先の部署が自分に合っていないときは転職を考えた方がいいでしょうか？

その考えはちょっと早すぎる気がしますね。
というのも、あなたが配属された部署は
言い換えれば「会社があなたに適性があるから配属されている」
というふうに考えた方がいいと思います。

会社がものすごくいい加減な会社でない限りは、
わざわざ利益面でデメリットになるような社員の配置にはしないと思います。

もしくは、「今の部署の仕事が合わない」ではなく、
「その部署での仕事の一つが合っていない」のではないでしょうか？
人間関係や職場の雰囲気などいろんな要素があると思います。

もしかしたら仕事ではなく、そちらが合わないと感じていることが
足を引っ張っているのかもしれません。

転職をする前に、今の部署が合わない原因をもう一度洗い直して
その上で解決できないのか？解決できないのであれば転職しよう！
ぐらいの気持ちで考えてもいいと私は思っています。

どうぞ、参考までに。